大肠菌群是肠杆菌家族的成员，这是一组通常导致胃肠疾病的病原体。大肠菌群感染通常由摄入受污染的食物或水引起。主要的大肠菌群包括引起痢疾的志贺氏菌;某些菌株的大肠杆菌(简称大肠杆菌)，可导致尿路感染和腹泻;沙门氏菌会导致腹泻和呕吐。

腹泻

大肠菌群感染最常见的结果是腹泻。志贺氏菌可引起痢疾，其特征是大量的血性腹泻。与之密切相关的大肠杆菌通常是中性的，甚至是有益的，但少数菌株是致病的，可导致腹泻。虽然大多数大肠杆菌感染病例会导致轻微的食物中毒症状，但大肠杆菌可引起溶血性尿毒症综合征，这是一种类似于痢疾的疾病，并可能危及生命。志贺氏菌和致病性大肠杆菌都可以通过饮用受污染的水，或食用含有大量受污染水的食物，或用受污染的水冲洗过的食物而感染。大多数痢疾志贺氏菌和大肠杆菌病例会在短时间内自行消退，所以重症病例需要使用抗生素。

肠胃炎

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呕吐、腹痛、发烧和腹泻都是胃肠炎的症状——通常被称为“食物中毒”——可能由食用或饮用大肠菌群引起，尤其是沙门氏菌菌株。在美国，肉类或家禽产品是沙门氏菌引起的食物中毒的常见原因，但沙门氏菌也可以从受污染的水中感染，这在世界其他地区是一个主要问题。由于胃肠炎通常只持续两至三天，抗生素的作用很小，但如果出现并发症，或患者已经生病或免疫系统受损，则可以开抗生素。

伤寒

由伤寒沙门氏菌引起的伤寒虽然在发达国家很少见，但在发展中国家仍然是一个严重的问题。伤寒是一种全身性疾病，其特征为流感样症状:头痛、腹部压痛、干咳、食欲不振和发烧。伤寒患者通常会出现红疹，通常在胸前，三到四天后会消退。如果不及时治疗，大约20%的伤寒病例是致命的。像其他由大肠菌群引起的疾病一样，伤寒是通过食用或饮用受污染的食物或水而感染的。这种疾病的疫苗提供了高度的保护，可持续约三年;鼓励任何人前往伤寒高发的发展中国家旅行，特别是如果他们计划在卫生条件差的地区旅行。

尿路感染

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尿路感染(UTIs)可由大肠杆菌和克雷伯氏菌(一种类似的大肠菌群)的致病菌株引起。与腹泻疾病一样，尿路感染可能由饮用受污染的水引起，尽管直接接触细菌更常见。尿路感染主要影响女性，在孕妇中尤其常见，这是由于激素变化和尿道的物理压力造成的。尿路感染通常可以用抗生素治疗，尽管耐抗生素的大肠杆菌菌株的数量正在增加。