牛奶超敏反应影响不到1％的成年人，大约2％至5％的儿童影响。根据克利夫兰诊所的说法，食物不耐受是由于人体无法分解食物的成分，例如蛋白质。牛奶蛋白酪蛋白和乳清触发了消化系统反应，该反应在牛奶蛋白不耐症患者中产生胃肠道症状。

凳子上的血

牛奶蛋白不耐症会导致大肠和直肠的炎症，从而导致血腥的粪便。约翰·霍普金斯大学医学院儿科学副教授艾伦·莱克（Alan M. Lake）表示，这种疾病被称为脂肪炎或凝血结肠炎，主要发生在婴儿中。莱克指出，这种症状通常表现在2至8周龄之间，并在消除牛奶蛋白暴露的三天内解决。莱克说，大约95％的受影响婴儿将能够在9个月大时忍受牛奶蛋白的消耗。

便秘

牛奶会引起腹泻吗？

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尽管排便的频率可能因个人而异，但蛋黄酱诊所的状态表明，每周的排便量少于三个可以表明便秘，而硬凳和干式凳子也可以表明。牛奶蛋白不耐症与慢性便秘有关。研究人员西尔维亚·达赫（Silvia Daher）及其同事在2001年12月的小儿过敏和免疫学上报道说，在从饮食中消除牛奶蛋白时，有28％的患有慢性便秘的儿童经历了正常的肠运动。

胃食管反流

胃含量转化为食管的反流，称为胃食管反流，可能是由于对牛奶蛋白的不耐受而导致的。哈佛医学院儿科副教授Harland S. Winter博士说，多达40％的患有胃食管反流的婴儿是牛奶蛋白不耐受的。受影响的人可能会感到胸部和喉咙燃烧的感觉，咳嗽，喘息和吞咽困难。婴儿也可能拒绝吃饭。

腹泻

乳制过敏和恶心

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牛奶蛋白不耐症会引起小肠中的炎症反应，称为肠病，会干扰吸收并引起腹泻。它通常发生在9个月之前被给予牛奶的婴儿。当整个胃肠道系统受到影响时，该疾病称为牛奶蛋白诱导的小肠结肠炎。

呕吐或吐口水

乳蛋白诱导的肠病和小肠结肠炎也会发生呕吐。它通常在牛奶蛋白消耗的两到四个小时内开始，并可能导致严重的脱水。在婴儿中频繁吐痰会表明牛奶蛋白不耐症带来的胃食管反流。