根据世界卫生组织的说法，沙门氏菌是世界各地食源性疾病最常见的原因之一。在美国，每年有140万例感染导致超过15万名医生就诊，1.5万人住院，500人死亡。虽然沙门氏菌中毒通常会引起轻微的自限性胃肠炎(“沙门氏菌病”)，但在某些情况下可能会造成长期影响。

转移性感染

在极少数情况下，沙门氏菌会逃出肠道进入血液。血液感染本身可能是致命的，当沙门氏菌从血液扩散(转移)到感染身体其他部位时，可能会产生长期并发症。转移性沙门氏菌感染的例子包括心脏瓣膜和心脏内膜感染(心内膜炎)、骨骼感染(骨髓炎)、肾脏感染(肾盂肾炎)以及包括大脑在内的其他软组织感染。通常情况下，这些感染是缓慢增长的，比典型的沙门氏菌胃肠炎的12 - 72小时要长得多。它们很少发生在健康的成年人身上，而在免疫系统受损(如艾滋病、癌症、镰状细胞性贫血)或患有多种疾病的人身上更常见。

自身免疫性疾病

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接触沙门氏菌后，免疫系统会产生抗体。不幸的是，沙门氏菌类似于存在于许多人体内的细胞表面标记物。其结果是导致瑞特氏综合征的自身免疫性疾病，这种疾病会引起慢性关节疼痛(关节炎)、眼睛刺激(伴有或不伴有虹膜炎的结膜炎)和排尿问题(尿道炎)。在2001年发表在《传染病临床》杂志上的一项研究中，近三分之一感染了Dnteridis沙门氏菌(一种最常见的沙门氏菌)的人患上了持续长达6个月的关节炎，近50%的人报告说在最初的发作缓解后复发。

慢性携带者

在某些情况下，个体从沙门氏菌感染中恢复成为慢性携带者。人类慢性携带沙门氏菌最著名的例子是“伤寒玛丽”。J.W.莱维特1996年出版的《伤寒玛丽:公众健康的俘虏》一书讲述了这位无症状的爱尔兰裔美国厨师的真实故事，她与20世纪初纽约市9种不同的伤寒流行病中的54例病例和4例死亡有关。

如今，慢性带菌者通常可以通过延长抗生素疗程来根除，尽管在此期间个人可能会受到工作类型的限制。大多数慢性携带者无症状。然而，艾滋病患者和其他类型的免疫功能低下患者可能会在抗生素起效前反复发作。