由于免疫系统发生故障，使自身免疫疾病发生，导致它攻击身体中的健康细胞和组织。美国自身免疫相关疾病协会报告称，2350万美国人患有自身免疫性疾病，高于患有心脏病的2200万。已知80至100个疾病，已知具有自身免疫特征，因为许多自身免疫性疾病一次影响许多器官，自身免疫性疾病表现出各种症状。许多自身免疫性疾病，甚至那些不会直接影响胃的疾病都会导致腹痛。

恶性贫血

可怕的贫血描述了一种特定类型的贫血 - 一种低水平的红细胞 - 由自身免疫疾病引起的，免疫系统攻击胃的椎管细胞。顶叶细胞的作用以产生称为内在因子的蛋白质，这对于身体吸收维生素B12是必要的。没有内在因素，发生维生素B12缺乏，并且没有维生素B12，身体不能产生新的红细胞。

根据全国性，肺和血液研究所的说法，导致生物贫血导致生物贫血的抗原细胞的破坏产生了消化道中的症状1。

克罗恩病

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克罗恩病，被归类为自身免疫性疾病，由于免疫系统错误地攻击了消化道中的细菌，食物和其他物质。如国家消化病信息清算所描述的，肠道内肠道含有慢性炎症和肠损伤的累积。

被归类为一种肠易激疾病，Crohn的疾病损害了肠的所有层，同时允许一些部分保持健康。这种特征有助于将克罗恩病来自类似疾病，例如溃疡性结肠炎。克罗恩病导致慢性腹痛和腹泻经常伴有直肠出血，体重减轻，关节炎，皮肤问题和发热。

溃疡性结肠炎

类似于克罗恩病的溃疡性结肠炎被归类为自身免疫性疾病，属于肠易激肠疾病。溃疡性结肠炎导致炎症和形成微小疮，称为溃疡，在结肠和直肠的衬里上。最常见的症状包括腹痛和血淋淋的腹泻，这有助于疲劳，减肥，食欲丧失和生长失败的其他症状。